赔偿基金的资金主要是来自收取买卖交易所产品的投资者赔偿基金徵费 (「徵费」)。目前证券交易的徵费是买卖双方各须缴付成交金额的0.002%。至於期货合约，合约每方的徵费为$0.5港元，小型期货合约及股票期货合约每方的徵费则为$0.1港元。简单而言，每宗$50,000港元的证券交易，双方分别需要缴付$1港元的徵费。

赔偿基金其他资金来源是来自投资收入，例如是银行存款所得的利息，以及来自联合交易所赔偿基金及商品交易所赔偿基金所转移的资金。